火影忍者手游组织争霸赛的分组主要依据组织战力排名和相邻名次匹配原则。报名阶段结束后，系统会根据已报名组织的总战力进行排序，筛选出前16名组织获得参赛资格。这16个组织会被随机分为4组，每组4个组织进行小组赛，小组胜出者进入决赛阶段。跨服争霸赛的分组规则与本服相同，但参赛资格仅限于本服冠亚军组织，且按相邻服务器匹配原则进行对战。
分组过程中，组织首领的战术安排尤为重要。在准备阶段的5分钟内，首领需调整成员出战顺序，建议将PK能力强的成员优先排列。每位成员初始拥有2次胜利机会，可通过购买额外次数增加至3次，这种设计使得人数优势和技术优势都能影响分组后的对战结果。活跃成员数量也是决定胜负的关键因素，即使组织整体战力较高，若参赛人数不足仍可能处于劣势。
四强阶段的分组采用相邻名次匹配机制，即第一组冠军对阵第二组冠军，第三组冠军对阵第四组冠军。这种分组方式确保了强强对话的公平性，同时也为后续跨服争霸赛奠定基础。跨服争霸赛的分组时间通常安排在本服争霸赛结束后的下一周，参赛组织需要提前完成战力提升和战术部署，以应对不同服务器的对手。
分组结果的奖励机制具有明确层级区分。本服争霸赛中，1/8决赛胜出者可获得4个高招券；跨服争霸赛的1/8决赛奖励提升至10个高招券，冠军组织全员还能额外获得2个高招券。跨服总决赛冠军组织将全员获得争霸の王者称号，亚军则获得争霸挑战者称号。这些奖励设置既体现了分组竞赛的公平性，也增强了组织的集体荣誉感。
未获得参赛资格的组织成员可通过支持玩法参与活动。他们可以选择任意一个参赛组织进行支持，若该组织最终夺冠，支持者将获得金币奖励。这种设计扩大了活动参与面，使更多玩家能够间接体验分组竞赛的乐趣。组织大厅内的详情、祈福、叛忍、要塞等功能也为分组前后的战力提升提供了多种途径，玩家需要合理利用这些功能为争霸赛做好准备。
