妙蛙种子位于真新镇的大木博士研究所，不会在常磐森林、1号道路或其他野外草丛中随机出现。开始新游戏后，从真新镇向北走，博士会在通往1号道路的出口处将玩家带回研究所，随后在桌上的三只初始宝可梦中选择妙蛙种子即可获得。它加入队伍时为5级，属性是草加毒，特性为茂盛，初始招式是撞击和叫声。
首次获取妙蛙种子的操作顺序是：创建新存档并完成姓名设定，离开家向北走，接受大木博士的引导进入研究所，调查桌上的精灵球，选择标有妙蛙种子的那一只，确认后立即加入队伍。选择完成后会与劲敌进行5级对战，劲敌会拿走属性克制妙蛙种子的火恐龙；这场战斗即使失败也不会失去妙蛙种子，战斗结束后仍可继续流程。想以妙蛙种子开局，应在第一次选择时确认名称和属性，不能靠后续剧情重新领取。
已经选择小火龙或杰尼龟的存档，最快取得妙蛙种子的方式是与另一份火红版或叶绿版存档进行交换。接收方必须先把大木博士交代的包裹送回真新镇并取得宝可梦图鉴，队伍中至少准备两只宝可梦，然后前往宝可梦中心的联机区域；提供方则需要在自己的存档中拥有妙蛙种子，双方使用连接线或无线适配器完成交换。交换限制解除前，只能在火红版与叶绿版之间交换关都图鉴范围内的宝可梦，不能交换蛋或关都图鉴以外的宝可梦。
常见的判断错误是把妙蛙种子的地点记成常磐森林，或者认为击败道馆、完成四天王后会有NPC再次赠送。普通流程中没有这种野外捕捉点，也没有第二次免费领取机会；如果没有第二台设备、另一份存档或可交换对象，最省时的处理方法是在游戏初期保存后重新开始，并在大木博士研究所直接选择妙蛙种子。若使用改版或加入全国图鉴分布的特殊版本，应以该版本的实际设定为准，不能套用普通火红版的地点资料。
妙蛙种子适合希望降低前期道馆战难度的玩家，因为草属性招式能有效攻击岩石、地面和水属性对手。队伍等级达到10级后可学会藤鞭，挑战尼比道馆时能快速处理小拳石和大岩蛇；达到15级后还能学会催眠粉和毒粉，适合在捕捉或持久战中先控制目标。若计划长期培养，建议尽早让它参与战斗并保持等级领先，后续在32级进化为妙蛙草，达到32级后可继续进化为妙蛙花。
