口袋妖怪火红中复活化石的核心方法是将化石带到红莲岛宝可梦研究所，交给右侧房间的研究员，暂离地图后再次对话即可领取复活的宝可梦。
红莲岛位于关都地区南部海域，是剧情后期可抵达的岛屿，岛上设有宝可梦中心、商店、道馆与宝可梦研究所。研究所为椭圆形建筑，紧邻宝可梦中心，进入后径直走向最右侧房间，房间内的研究员专门负责化石复活，对话后可交付化石。交付化石后必须离开研究所再重新进入，等待研究员完成复活流程，直接反复对话无法触发结果。复活后的宝可梦等级均为5级，同行队伍需预留空位，否则无法领取。
游戏内共有三种可复活化石，获取方式与对应宝可梦各不相同。月见山地下二层击败研究员后，可二选一圆顶化石或螺旋化石，圆顶化石复活为岩石/水系的兜甲，螺旋化石复活为岩石/水系的菊石兽。尼比市博物馆右侧小树后，用居合斩开辟道路，与研究员对话可获得神秘琥珀，复活为岩石/飞行系的化石翼龙。月见山只能选择一块化石，另一块会永久消失，需根据队伍需求谨慎选择。
化石复活后的宝可梦潜力独特，培养价值较高。兜甲进化为Kabutops，物攻与防御突出，适合物理输出阵容；菊石兽进化为Omastar，特攻与防御优异，擅长特殊攻击；化石翼龙速度与物攻顶尖，是速攻流强力选择。复活后可搭配对应属性招式，如岩石系的岩崩、水系的冲浪、飞行系的燕返，最大化战斗能力。
