火影忍者忍者大师主三船阵容的核心弱点在于怕强控与抓取、被分身傀儡克制、查克拉消耗大、续航能力弱、对先攻依赖极高，实战中易被针对且容错率低。
主三船阵容极度畏惧强控制与抓取类忍者。三船核心依赖防反与普攻输出，防反无法抵挡抓取技能，一旦被强制控制或抓取，会直接中断输出节奏并陷入被动。同时阵容整体缺乏解控手段，面对定身、封穴、混乱等强控链时，三船难以启动奥义，队友也难有效辅助，容易被持续压制至减员。三船技能后摇较大，被对手抓住空窗期衔接控制，几乎没有反制空间。
该阵容被分身、傀儡体系显著克制。三船的普攻与奥义容易被敌方分身、傀儡吸引火力，导致核心输出频繁落空，无法精准打击敌方关键单位。面对大量分身时，三船的“对决”减冷却效果难以作用到本体，控场价值大幅降低；同时分身会分摊伤害，让三船的爆发难以快速形成减员，拖入持久战对己方极为不利。
主三船阵容查克拉消耗压力大，节奏易断。三船奥义与队友辅助技能查克拉需求较高，若开局被打断或追打衔接不畅，容易出现查克拉断层，导致关键回合无法释放奥义。阵容高度依赖特定忍者（如雷主、青）的追打回查克拉效果，一旦该忍者被针对或阵亡，整体节奏会彻底混乱，后续回合只能被动挨打。
续航与坦度不足是该阵容的致命短板。三船自身防御依赖被动加成，无高额减伤或回血能力，前排承伤压力大，容易被爆发阵容快速击穿。阵容缺少稳定治疗或复活忍者，减员后难以挽回劣势，尤其面对持续输出型阵容时，血量消耗难以弥补，容错率极低。同时，三船输出依赖暴击触发，暴击未触发时伤害刮痧，缺乏兜底输出手段，容易陷入输出疲软的僵局。
主三船阵容极度依赖先攻，后手能力薄弱。先攻优势下，三船可抢先奥义控场、压低血线，掌握对局主动权；一旦丢失先攻，面对霸体、负重或高速先手阵容时，会全程被动防御，防反难以触发，奥义被频繁打断，难以翻盘。实战中，对手常优先针对三船的先攻位，通过封穴、打断等手段限制其启动，进一步放大阵容的后手劣势。
