主三船阵容的核心弱点在于其作为核心输出的先天局限性。三船在游戏设定中被定位为一名强力的辅助型角色，他的攻击与忍术成长并不突出，其奥义与普攻伤害均属于体忍混合类型，这导致在面对高防御或特定抗性的对手时，其作为队伍主攻手的爆发伤害可能显得疲软，无法快速终结战斗。他的主要价值体现在奥义的瞬间驱散增益效果以及为队伍中其他带刀忍者提供攻击加成的辅助能力上，这使得以他为核心的阵容更像是一个以削弱和加持为主的体系，而非纯粹的暴力输出队，一旦辅助链条被切断或核心加成未能生效，整个阵容的进攻节奏就会受阻。
该阵容的另一显著弱点是极度依赖特定的战斗环境与对手阵容构成，缺乏应对变化的泛用性。三船的招牌技能是驱散目标的所有增益状态，这在面对依赖护盾、根性等耐久加持的阵容时效果拔群。如果对手的核心策略并非构建增益，而是依靠高频率的普攻连击、无视控制的霸体效果或直接伤害灌倒，那么三船的驱散价值就会大打折扣。他的战术意义具有很强的针对性，在面对不以增益见长的快攻或控制流派时，其功能性优势难以完全发挥，容易陷入技能效用降低的尴尬境地。
在应对多目标战斗和复杂战场局面时，主三船阵容会暴露出群攻能力不足与生存脆弱的短板。三船的技能设计更偏向于对单体的精准打击与削弱，缺乏对敌方全体或横排造成毁灭性伤害的大范围奥义。当敌方采用多核心或分身战术时，三船难以同时处理多个威胁点。他自身并不具备强力的生存或免控技能，在战斗中需要依靠队友的保护。如果队伍的保护能力不足，或者对手拥有强大的切入与控制能力，作为战术核心的三船很容易在开局阶段就被重点针对并击倒，从而导致整个阵容体系的崩溃。
该阵容的强度在很大程度上依赖于与其他特定忍者的羁绊联动和技能配合，构筑成本较高且灵活性受限。为了最大化三船的辅助效果，队伍中通常需要搭配其他能够享受带刀加成的忍者，这在一定程度上限制了阵容的搭配自由度。如果未能凑齐关键的羁绊组合，或者核心联动忍者被敌方克制，整个阵容的协同作战能力会大幅下降。这种构建方式使得阵容的强度曲线较为固定，难以根据不同的对手进行灵活变阵，在追求竞技对抗变化的游戏环境中，这是一个不可忽视的战略弱点。
